В соответствии со ст. 20 ГК РФ несовершеннолетние дети в возрасте до 14 лет должны проживать с родителями (одним из них).
Вы как собственник квартиры вправе вселить в нее любого гражданина в качестве члена своей семьи, в т.ч. отца своего ребенка, а также разрешить ему регистрацию в своей квартире по адресу постоянного места жительства.
Однако следует помнить, что в случае возникновения разногласий и желания лишить его права пользования своей квартирой при отсутствии его согласия на снятие с рег.учета с данного адреса, лишение права пользования квартирой возможно будет только в судебном порядке в соответствии с ч. 4 ст. 31 ЖК РФ.