Лера, понятно, что наиболее идеальным вариантом были бы договор дарения, согласно которому Ваша мама подарила бы Вам свою долю квартиры. Но, как понимаю, этот вариант в настоящее время недостижим.
В таком случае, Вам остаётся только обратиться в суд с исковым заявлением о признании Вас единоличным собственником квартиры и обязать Росреестр внести изменения в записи о собственности. В суде Вам придётся доказать, что квартира в полном объёме была приобретена на Ваши личные средства. В качестве доказательств нужно будет представить: выписку о снятии денег с депозита; платёжные документы о внесении платы за квартиру; свидетельские показания, если таковые имеют место. В принципе, шансы на вынесение положительного судебного решения весьма неплохи.