Здравствуйте.
Если контракт действительно исполнен, попасть в реестр Вы не должны:
В реестр недобросовестных поставщиков включается информация об участниках закупок, уклонившихся от заключения контрактов, а также о поставщиках (подрядчиках, исполнителях), не исполнивших или ненадлежащим образом исполнивших обязательства, предусмотренные контрактами.
Статья 104 Федерального закона от 05.04.2013 N 44-ФЗ
Заседания комиссии ФАС обычно проходят в полноценном режиме, то есть Вам должны дать слово, выслушать и учесть доказательства, которые Вы предоставите. Можете, помимо иных доказательств, подтверждающих исполнение контракта, попросить заказчика по исполненному контракту дать Вам справку о том, что он подтверждает исполнение всех обязательств по договору. Также советую на всякий случай вести аудиозапись комиссии (скрытно, разумеется).
Если решение вдруг по каким-либо причинам будет не в Вашу пользу (крайне маловероятно, если все так, как Вы описываете), его можно будет обжаловать в суд.
Включение в реестр недобросовестных поставщиков информации об участнике закупки, о поставщике (подрядчике, исполнителе), содержащаяся в реестре недобросовестных поставщиков информация, неисполнение действий, предусмотренных частью 9 настоящей статьи, могут быть обжалованы заинтересованным лицом в судебном порядке.
1) Возможно ли протокол о уклонении отбить? Через жалобу в ФАС или суд.?
Лучше сначала обратиться в ФАС с жалобой на недостоверность сведений в системе. И скорее всего данный вопрос можно будет решить во внесудебном порядке. Но если ФАС будет бездействовать, а ошибка будет оставаться, обращайтесь в суд.
В суде, помимо основного требования об исключении недостоверных сведений, Вы можете требовать возмещения убытков (которые Вы, собственно, несете даже сейчас, задавая этот вопрос):
Лицо, право которого нарушено, может требовать полного возмещения причиненных ему убытков, если законом или договором не предусмотрено возмещение убытков в меньшем размере.
Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).
Тогда с ним проблемы нет. По поводу контракта в статусе исполнение в ЕИС есть документы о его исполнении, соответственно заказчик имел возможность проверить его исполнение. Вы можете обжаловать в УФАС отказ заказчика от заключения контракта и признания Вас уклонившимися.