Подп. 2 п. 1 ст. 228 ГК РФ предусматривает, что при продаже имущества бывшему собственнику необходимо заплатить НДФЛ с полученного дохода.
Освобождаются от уплаты такого налога только продавцы, владеющие продаваемым имуществом определенное количество времени: для имущества, полученного в наследство, максимальный предельный срок владения для освобождения от уплаты НДФЛ при продаже такого имущества, составляет три года в соответствии с подп. 1 п. 3 ст. 217.1 НК РФ.
Владение наследственным недвижимым имуществом отсчитывается не от даты гос.регистрации права собственности наследника в ЕГРН, а от даты открытия наследства (т.е. даты смерти наследодателя). Это следует из положений ст. 218, 1114, 1152 ГК РФ.
Если недвижимое имущество, полученное по наследству, продается наследником ранее 3-летнего срока владения, доход от продажи такого имущества будет облагаться НДФЛ в размере 13%.
Если недвижимость продается по цене выше, чем 70% от кадастровой стоимости, тогда для целей налогообложения дохода учитывается сумма, прописанная в договоре купли-продажи.
Если недвижимость продается по цене ниже 70% кадастровой стоимости, то для расчета налога будет учитываться не сумма продажи, указанная в договоре, а 70% кадастровой стоимости недвижимости. Данное правило закреплено в ст. 217.1 НК РФ.
Учитывая, что Вы продажи недвижимое имущество по цене 999 000 руб., а НДФЛ был начислен, то, видимо, данное начисление сделано от 70% кадастровой стоимости проданного имущества.
В целях выяснения данных обстоятельств Вы имеете право запросить ИФНС информацию о предоставлении Вам расчета предъявленного к оплате НДФЛ с обоснованием расчета суммы налога.
Вы можете уменьшить данный налог, на документально подтвержденные расходы наследодателя на приобретение этого имущества.
Если у Вас сохранились данные документы, то необходимо их предоставить в налоговый орган.