Добрый день, ответ на ваш вопрос содержится в нижеприведенных нормах:
Статья 53 ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» Присоединение общества
1. Присоединением общества признается прекращение одного или нескольких обществ с передачей всех их прав и обязанностей другому обществу.
2. Общее собрание участников каждого общества, участвующего в реорганизации в форме присоединения, принимает решение о такой реорганизации, об утверждении договора о присоединении, а общее собрание участников присоединяемого общества также принимает решение об утверждении передаточного акта.
3. Совместное общее собрание участников обществ, участвующих в присоединении, вносит в устав общества, к которому осуществляется присоединение, изменения, предусмотренные договором о присоединении, а также при необходимости решает иные вопросы, в том числе вопросы об избрании органов общества, к которому осуществляется присоединение. Сроки и порядок проведения такого общего собрания определяются договором о присоединении.(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)
3.1. При присоединении общества подлежат погашению:1) принадлежащие присоединяемому обществу доли в уставном капитале общества, к которому осуществляется присоединение;2) доли в уставном капитале присоединяемого общества, принадлежащие этому обществу;3) доли в уставном капитале присоединяемого общества, принадлежащие обществу, к которому осуществляется присоединение;4) принадлежащие обществу, к которому осуществляется присоединение, доли в уставном капитале этого общества.(п. 3.1 введен Федеральным законом от 30.12.2008 N 312-ФЗ)
4. При присоединении одного общества к другому к последнему переходят все права и обязанности присоединенного обществав соответствии с передаточным актом.
Таким образом, ответ на ваш вопрос:
-товарные остатки (как и иное имущество) перейдут на основании передаточного акта;
-ООО2 не должно возмещать ООО1 стоимость ни товарных остатков (ни другого имущества), так как ООО1 прекращает свое существование (в силу присоединения к ООО2).