Была составлена претезия на выплату, я предоставил документы подтверждающие, что я купил эту запчасть за 40000

Здравствуйте,

Да, размер выплаты будет производиться по результатам экспертизы. Экспертиза покажет возможность или невозможность восстановления, причину повреждения груза и размер стоимости ремонта. 

В силу ст. 796 ГК РФ

2. Ущерб, причиненный при перевозке груза или багажа, возмещается перевозчиком:

в случае повреждения (порчи) груза или багажа — в размере суммы, на которую понизилась его стоимость, а при невозможности восстановления поврежденного груза или багажа — в размере его стоимости;

Полная стоимость груза будет выплачена в случае, если экспертиза установит невозможность его восстановления.

При предъявлении претензии к выплате, Вы вправе предъявить к выплате и стоимость затраченных средств на экспертизу.