Здравствуйте, работаю в школе, основная должность инженер 5дневная рабочая неделя, отпуск 28 календарных дней

Добрый вечер!
В Вашем случае имеет место внутреннее совместительство по должности учителя математики. Согласно абзацу 1 ст. 282 Трудового кодекса РФ, «совместительство — выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время». Исходя из этого определения, можно заключить, что работа в выходной (основному месту работы) день не является нарушением. 

Таким образом, только из-за того, что вы совместитель, наличие лишь 1 выходного дня является правомерным. Вы же 2 дня в сумме отдыхаете от должности инженера. 

Если остались вопросы, пишите. Удачи!