Добрый день.
1) Зачтутся ли те первые 3 месяца работы в основной компании?
Нет, не зачтутся.
Тут нужно исходить из буквального прочтения постановления Правительства РФ от 28.03.2022 N 490 «Об утверждении Правил предоставления права на получение отсрочки от призыва на военную службу гражданам Российской Федерации, работающим в аккредитованных организациях, осуществляющих деятельность в области информационных технологий»
в силу которых
Право на получение отсрочки от призыва на военную службу предоставляется гражданам Российской Федерации, работающим в аккредитованных организациях по трудовому договору на условиях нормальной продолжительности рабочего временине менее 11 месяцев в течение года, предшествующего дате начала очередного призыва,
Соответственно во внимание будет приниматься момент начала трудовой деятельности именно в данной компании.
Если у Вас был перевод из одного структурного подразделения в другое — то учтено было бы общее время трудовой деятельности, в случае же самостоятельного трудоустройства в другую организацию — срок считается с даты заключения трудового договора.
Связано это с тем, что
Отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданам призывными комиссиями на основании направляемого Министерством цифрового развития, связи и массовых коммуникаций Российской Федерации в Министерство обороны Российской Федерации не позднее чем за 30 календарных дней до начала очередного призыва на военную службу списка граждан
В списках граждан указываются
— фамилия, имя и отчество (при наличии) граждан,
— год и место их рождения,
— страховой номер индивидуального лицевого счета,
— наименование образовательной организации высшего образования (научной организации),
— дата ее окончания,
— наименование полученной специальности (направления подготовки) высшего образования,
— номер диплома об образовании,
— место работы,
— индивидуальный номер налогоплательщика аккредитованной организации,
— место жительства и военный комиссариат муниципального образования (муниципальных образований), в котором гражданин состоит на воинском учете.
Исходя из данных об окончании обучения и сведений, поступающих в военкомат от самого гражданина о месте работы и времени поступления (такие сведения призывник обязан самостоятельно представить в течение 14 дней после поступления на работу в силу ст. 10 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе») призывная комиссия и принимает решение о предоставлении отсрочки (или ее сохранения).
Соответственно, получить отсрочку Вы можете только по указанному основанию, что трудоустроились в течение года после окончания обучения.
Тут не имеет значения, что Вы поступил на работу в период обучения, поскольку годичный срок также рассчитывается с даты окончания обучения.
Соответственно, если Вы уже были трудоустроены ранее — на Вас все равно распространяется право на отсрочку.