Александр, добрый вечер!
В соответствии с ГК РФ,
Статья 164. Государственная регистрация сделок
1. В случаях, если законом предусмотрена государственная регистрация сделок, правовые последствия сделки наступают после ее регистрации.
2. Сделка, предусматривающая изменение условий зарегистрированной сделки, подлежит государственной регистрации.
Для сделок с недвижимостью регистрация необходима для перехода права собственности.
Статья 551. Государственная регистрация перехода права собственности на недвижимость
1. Переход права собственности на недвижимость по договору продажи недвижимости к покупателю подлежит государственной регистрации.
Поэтому если первоначально у Вас была регистрация не самого договора, а только права собственности, регистрировать доп соглашение не нужно.
Налоговая обязана принять данное доп соглашение.
Выдержка из судебной практики по спору о возможности изменения цены имущества, первоначально согласованной в договоре купли-продажи недвижимости, в отдельном документе после регистрации перехода права собственности.
Постановление ФАС Поволжского округа от 22.07.2008 по делу N А65-26844/07
Суд обоснованно признал данные выводы налогового органа несостоятельными, поскольку они не основаны на нормах статьи 551 ГК РФ, предусматривающей государственную регистрацию перехода права собственности на объект недвижимости, а не регистрацию существенных условий договора — соглашение сторон о цене сделки, регулируемой ст. ст. 424, 555 ГК РФ, обратное привело бы к нарушению установленных гражданским законодательством (ст. 421 ГК РФ, п. 2 ст. 424, 452 ГК РФ) принципов свободы участников сделки в заключении договора с определением условий по их усмотрению, в том числе на изменение цены сделки после заключения договора, предусмотренной п. 2 ст. 424 ГК РФ в порядке, установленном ст. 452 ГК РФ, — предусматривающих изменение цены сделки после заключения договора путем заключения соглашения, совершаемого в той же форме, что и договор. При этом гражданское законодательство, в том числе Федеральный закон о регистрации прав на недвижимое имущество, не содержит ограничений на изменение цены сделки после регистрации перехода прав собственности от продавца к покупателю..."