Соответственно вопрос не посчитает ли налоговая поступления 2 раза в момент перевода на номинальный счёт и перевод от факторинговый компании на наш счёт

Сергей, добрый вечер!

В соответствии с п. 1 ст. 860.1 ГК РФ

Номинальный счет может открываться владельцу счета для совершения операций с денежными средствами, права на которые принадлежат другому лицу-бенефициару.

Права на денежные средства, поступающие на номинальный счет, в том числе в результате их внесения владельцем счета, принадлежат бенефициару.

Из чего следует, что конечным получателем денежных средств является бенефициар — факторинговая компания, денежные средства, находящиеся на номинальном счете, принадлежат ей.

Согласно п. 1 ст. 41 НК РФ

В соответствии с настоящим Кодексом доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме,

Вашим доходом будет доход в виде денежных средств, перечисленных факторинговой компанией на Ваш счет, который включается в налогооблагаемую базу.

В случае возникновения вопросов у налоговой в обоснование вышеуказанного предоставите договор финансирования под уступку денежного требования (договор факторинга), договор номинального счета, иные документы по расчетам с факторинговой компанией.

являются ли поступления на номинальный счёт где бенефициар другая компания нашей выручкой?

 Нет, не являются. Денежные средства принадлежат бенефициару.