По вопросу 2. ИИС — это индивидуальный инвестиционный счет, предполагающий, что Вы будете покупать ценные бумаги. Это не вклад, на который Вы будете получать проценты. Если Вы покупаете в ИИС облигации, которые приносят купонный доход, то купонный или процентный доход будет перечислен Вам на счет. Если Ваша система налогообложение УСН (6%), то есть не не платите НДФЛ по основной деятельности, то вычет на НДФЛ по счету ИИС возможен только по пп.3.п.1. ст.219.1 НК РФ, то есть после окончания 3-летнего срока нахождения средств на ИИС тот НДФЛ, который будет исчислен с финансового результата может быть Вам возвращен. Насколько Вам нужен именно такой финансовый продукт, а не обычный вклад, пожалуйста, подумайте.
По вопросу 3. Если Вы не платите НДФЛ, то вычет (возврат) НДФЛ с суммы покупки квартиры и уплаты процентов по ипотеке (в пределах лимитов) Вам возвращать будет не с чего.