Здравствуйте, Николай Иванович.
Насколько я понимаю, самозанятый оказывает услуги клиенту, и то что платит последний — это плата, предназначенная самозанятому в рамках договора клиента с ним. В этом случае его доходом признается все, что он получил в соответствии с договором с клиентом (офертой) -см. п.1 ст.8 ФЗ от 27.11.2018 N 422-ФЗ, независимо от того, каково было движение средств (клиент-самозанятый-ИП агрегатор, или клиент — ИП агрегатор- самозанятый). Другими словами, облагается 1000 р.
У ИП-агрегатора налогооблагаемый доход — это то, что он получил от самозанятого.
Либо, если к нему поступили деньги от клиента, а затем он направляет часть самозанятому, вычтя свою комиссию, то есть выступает как агент, то налогооблагаемый доход он считает за вычетом перечисленного самозанятому (пп.9 п.1 ст.251 НК РФ). При этом у него должна быть документация, обосновывающая что такая выплата произведена в рамках договора с самозанятым.
То есть, следует понимать четко движение денег и видеть, документы о схеме работы (договоры, оферты и т.п.).
Да, самозанятый должен платить налог с 1000 т.к. у него нет права уменьшать налоговую базу на сумму каких-либо расходов ( в данном случае Ваша комиссия это расход самозанятого), а Вот к ИП на УСН прямо применяется п.п. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ даже если эта 1000 идет через его счета