Скажите, будут ли трудности в дальнейшем?

Здравствуйте, Артём.

Как следует из письма Минобрнауки России от 01.10.2012 N ИР-829/08 «О правописании букв „е“ и „ё“ в официальных документах»:

Ранее Министерством в региональные органы исполнительной власти направлялись методические рекомендации по употреблению буквы «ё» в написании имен собственных (письмо от 3 мая 2007 г. N АФ-159/03), в которых обращалось внимание на то, что причиной искаженных записей в паспорте и других документах («е» вместо «ё» и наоборот) может являться несоблюдение установленного Правилами требования обязательного использования «ё» в случаях, когда возможно неправильное прочтение слова. Имена собственные (в том числе фамилии, имена, отчества) относятся к этому случаю, поэтому применение буквы «ё» в них должно быть обязательным.
Судебная практика по данному случаю исходит из того, что на основании Правил написание букв «е» и «ё» приравнивается. Написание буквы «е» вместо «ё» и наоборот в фамилии, имени и отчестве не искажает данных владельца документов, при условии, что данные, на основании которых можно идентифицировать лицо в таких документах, соответствуют.

Таким образом, проблемы возможны. Если они возникнут, то в судебном порядке всегда можно доказать, что Вы являетесь владельцем диплома.