Через пару месяцев мы получим материнский капитал перекроет ли он просрочку или просто пойдет на погашение а просрочка останется?

Добрый день.

Если иное не предусмотрено кредитным договором (прочитайте) — МК направляется на погашение и суммы основного долга и суммы процентов. Таким образом, в зависимости от суммы оставшейся для погашения также зависит каким образом произойдет перераспределение денег. 

На погашение просроченного долга и просроченных процентов скорее всего в первую очередь, потом на погашение основного долга.

Что тут Важно, проконтролировать направление денежных средств учитывая что уже образовалась неустойка и проценты на неустойку.

Поэтому, предлагаю Вам взять справку из Банка о задолженности и после направления средств МК также и проверить.