Есть ли такие налоговые льготы в этом случае?

Здравствуйте.

Вероятно вы имеете ввиду, что передаче прав на использование программ для электронных вычислительных машин и баз данных освобождаются от налогообложения налогом на добавленную стоимость с момента включения таких программ для электронных вычислительных машин и баз данных в единый реестр российских программ для электронных вычислительных машин и баз данных (пп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ). 

Данная норма относится к  реализации исключительных прав, либо к передаче неисключительных прав по лицензионному договору. Договор же на разработку ПО под данную норму не подходит т.к. по нему исключительные права изначально принадлежат заказчику. Следовательно, такие операции подлежат обложению НДС, что соответствует позиции Минфина РФ (Письмо от 21.10.14 № 03-07-03/52967).

Аналогичной точки зрения придерживаются и суды.  Арбитражный суд Московского округа в постановлении по делу № А40-252272/2015 встал на сторону ФНС. Налогоплательщик настаивал на освобождении от НДС операции по разработке программного обеспечения для сторонней компании, поскольку вместе с самой программой он передал заказчику и права на нее. Но арбитры указали на то, что договор между сторонами предусматривал выполнение работы по заданию заказчика, а не передачу исключительных прав на программу для ЭВМ.

Поэтому, если компания-разработчик применяет ОСНО, а не УСН, то она должна будет заплатить НДС по данному договору.