Добрый день Николай!
Согласно регламента о регистрационных действиях граждан по месту пребывания, Ваш внук должен быть зарегистрирован по месту регистрации одного из законных представителей. В соответствии с указанным регламентом, Ваш сын может без Вашего ведома зарегистрировать сына в принадлежащей Вам на праве собственности квартире. В данном случае порекомендовала бы следующее:
1) Зарегистрировать сына временно (на определенный срок, указав это в заявлении согласии на регистрацию).
2) В соответствии с Жилищным кодексом РФ, а также постановлением Пленума ВС РФ № 14 от 2009 года — собственник имеет право владения, пользования и распоряжения принадлежащим ему имуществом. Никто не вправе препятствовать ему в таковом распоряжении. Посему, если встанет вопрос о принудительном (судебном) порядке снятия несовершеннолетнего с регистрационного учета, суд всецело будет на Вашей стороне.