Здравствуйте, Сергей!
Вы можете вернуть супруге часть суммы от материнского капитала, вложенного в приобретение квартиры, приходящуюся на её долю (мат.капитал / 4 = часть супруги). Оформить это можно путем заключения договора купли-продажи доли, по которому супруга продаст Вам свою долю в праве собственности на квартиру.
Это в том случае, если супруге уже выделена доля в праве собственности на квартиру.
Вернуть ей полностью сумму мат. капитала Вы тоже можете, но при этом лишить детей их долей в праве собственности на квартиру нельзя. Это в принципе возможно, но только с разрешения органа опеки, и только если детям будет предоставлено какое-то возмещение (как правило путем наделения детей долями в праве собственности на другое жилое помещение) в соответствии со ст. ст. 20, 21 Федерального закона «Об опеке и попечительстве».
Если доли уже выделены, то доли детей не вернуть. И купить вы их у детей не можете согласно п.3 ст.37 ГК РФ
Поэтому вы можете выкупить долю супруги в квартире, но не доли детей