И может ли агент принят к вычету такой НДС?

одним из оснований для вычета НДС является то, что агент заплатил НДС из собственных средств, в данном случае НДС был уплачен за счет нерезидента (суммы вычтена из его дохода), все равно мы можем предъявить вычет?

Такого основания в НК нет.

Исходя из буквального содержания абзаца 3 пункта 3 статьи 171 НК налоговый агент может воспользоваться вычетом только в том случае, если сумма НДС была удержана им из доходов, выплачиваемых контрагенту (налогоплательщику).

При этом в затраты в целях налога на прибыль была взята полная сумма вознаграждения по договору 100 000 (из которых часть перечислена в бюджет (НДС и налог на прибыль), часть — иностранному контрагенту). В случае подачи декларации по НДС с вычетом суммы удержанного и перечисленного налога имеем ли право брать в затраты полную сумму?

Нет. Налог вы можете взять только к вычету. В состав расходов по налогу на прибыль вы можете относить такой НДС только в том случае, если производите продукцию, необлагаемую НДС.

одним из оснований для вычета НДС является то, что агент заплатил НДС из собственных средств,

Ирина

Такого условия предъявления ндс к вычету в НК нет, п. 3 ст. 171 НК РФ говорит о

Вычетам подлежат суммы налога, уплаченные в соответствии со статьей 173 настоящего Кодекса налоговыми агентами, указанными в пунктах 2, 3, 6, 6.1 и 6.2 статьи 161 настоящего Кодекса
Право на указанные налоговые вычеты имеют покупатели — налоговые агенты, состоящие на учете в налоговых органах и исполняющие обязанности налогоплательщика в соответствии с настоящей главой. 
Положения настоящего пунктаприменяются при условии, что товары (работы, услуги), имущественные права были приобретены налогоплательщиком, являющимся налоговым агентом,для целей, указанных в пункте 2 настоящей статьи, и при их приобретении он уплатил налог в соответствии с настоящей главой