Могут ли уволить по статье 115 ч 1 из МЧС, если уже прошёл срок давности?

смотрите в силу ст. 14 ФЗ  «О службе в федеральной противопожарной службе Государственной противопожарной службы и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» от 23.05.2016 N 141-ФЗ

1. Сотрудник федеральной противопожарной службы не может находиться на службе в федеральной противопожарной службе (быть принят на службу в федеральную противопожарную службу) в следующих случаях:

2) осуждение его за преступление по приговору суда, вступившему в законную силу, а равно наличие судимости, в том числе снятой или погашенной;
3) прекращение в отношении его уголовного преследования за истечением срока давности, в связи с примирением сторон (кроме уголовных дел частного обвинения), вследствие акта об амнистии, в связи с деятельным раскаянием, за исключением случаев, если на момент рассмотрения вопроса о возможности нахождения сотрудника на службе в федеральной противопожарной службе преступность деяния, ранее им совершенного, устранена уголовным законом;

В вашем случае, если речь идёт о прекращении уголовного дела в связи с оплатой судебного штрафа, Вы не считаете осуждённым, соответственно  у Вас не возникает судимости. Кроме того, дело у Вас прекращено по иным основаниям, чем указано в преведенной статье, следовательно нет оснований доя Вашего увольнения. 

Таким образом, при прекращении в отношении вас уголовного дела в связи с оплатой судебного штрафауволить из МЧС Вас не могут.

Это основание относится к нереабилитирующим и влечет увольнение со службы

Статья 14. Ограничения, запреты и обязанности, связанные со службой в федеральной противопожарной службе
 1. Сотрудник федеральной противопожарной службы не может находиться на службе в федеральной противопожарной службе (быть принят на службу в федеральную противопожарную службу) в следующих случаях:
3) прекращение в отношении его уголовного преследования за истечением срока давности, в связи с примирением сторон (кроме уголовных дел частного обвинения), вследствие акта об амнистии, в связи с деятельным раскаянием, за исключением случаев, если на момент рассмотрения вопроса о возможности нахождения сотрудника на службе в федеральной противопожарной службе преступность деяния, ранее им совершенного, устранена уголовным законом;