Но ведь доли мы должны распределять, после погашения ипотеки, разве нет?

Добрый вечер, Иван.

В соответствии с пунктом 4 статьи 10 Федерального закона от 29.12.2006 № 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»

лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

Доли в праве собственности на жилое помещение, приобретенное с использованием средств материнского (семейного) капитала, определяются исходя из равенства долей родителей и детей на средства материнского (семейного) капитала (пункт 13 Обзора судебной практики по делам, связанным с реализацией права на материнский (семейный) капитал, утвержденного Президиумом Верховного Суда Российской Федерации 22.06.2016).
В соответствии с подпунктом «в» пункта 15(1) Правил направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий, утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 12.12.2007 № 862

лицо, получившее сертификат, или супруг лица, получившего сертификат, обязаны оформить жилое помещение, приобретенное с использованием средств материнского (семейного) капитала, в общую собственность лица, получившего сертификат, его супруга и всех детей с определением размера долей по соглашению в течение 6 месяцев после полной выплаты задолженности по кредиту (займу), средства которого были направлены полностью или частично на приобретение жилого помещения и погашения регистрационной записи об ипотеке указанного жилого помещения.

Таким образом, по смыслу указанных норм, направление средств материнского капитала в счет погашения задолженности по кредиту на приобретение жилья порождает у собственника жилого помещения обязательство наделить долями членов своей семьи. Реализация такого обязательства осуществляется после полного погашения кредита и прекращения залога.
Из этого следует, что отказ банка по мотиву отсутствия соглашения о распределении долей, правомерным не является. 

Вместе с тем банк как залогодержатель вправе отказать Вам в выводе объектов недвижимости из состава сложносоставного по иным основаниям.