Сейчас налоговая пытается лишить нас права на применение льготной ставкии доначилисть налоги в виду не сдачи этой формы, т.к

Уважаемая Ольга! Доброго! В силу п.2 ст.284.1 НК РФ

Налоговая ставка 0 процентов в соответствии с настоящей статьей применяется организациями, осуществляющими образовательную и (или) медицинскую деятельность, ко всей налоговой базе, определяемой такими налогоплательщиками (за исключением налоговой базы, налоговые ставки по которой установлены пунктами 1.6, 3 и 4 статьи 284 настоящего Кодекса), в течение всего налогового периода.

Четкие условия изложены в п.3 ст.284.1 НК РФ, при этом (п.6 ст.284.1 НК РФ)

Организации, применяющие налоговую ставку 0 процентов в соответствии с настоящей статьей, по окончании каждого налогового периода, в течение которого они применяют налоговую ставку 0 процентов, в сроки, установленные настоящей главой для представления налоговой декларации, представляют в налоговый орган по месту своего нахождения следующие сведения:
о доле доходов организации от осуществления образовательной деятельности, присмотра и ухода за детьми и (или) медицинской деятельности, а также от выполнения научных исследований и (или) опытно-конструкторских разработок, учитываемых при определении налоговой базы в соответствии с настоящей главой, в общей сумме доходов организации, учитываемых при определении налоговой базы в соответствии с настоящей главой;
(в ред. Федерального закона от 02.05.2015 N 110-ФЗ)

о численности работников в штате организации.
КонсультантПлюс: примечание.
Абз. 4 п. 6 ст. 284.1 (в ред. ФЗ от 18.03.2020 N 62-ФЗ) применяется к налоговой базе по налогу на прибыль организаций, исчисляемой начиная с 01.01.2020.

Организации, осуществляющие медицинскую деятельность, дополнительно представляют сведения о численности медицинского персонала, имеющего сертификат специалиста или свидетельство об аккредитации специалиста, в штате организации.
(в ред. Федерального закона от 18.03.2020 N 62-ФЗ)

При непредставлении в установленные сроки сведений, указанных в настоящем пункте, в налоговый орган по месту нахождения налогоплательщика с начала налогового периода, данные за который не были представлены в установленном порядке, применяется налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 284 настоящего Кодекса. При этом сумма налога подлежит восстановлению и уплате в бюджет в установленном порядке с взысканием с налогоплательщика соответствующих сумм пеней, начисляемых со дня, следующего за установленным статьей 287 настоящего Кодекса днем уплаты налога (авансового платежа по налогу).
Форма представления сведений, указанных в настоящем пункте, утверждается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

То, что Вы сведения о доле доходов организации от осуществления образовательной и (или) медицинской деятельности в общей сумме доходов, о численности работников в штате организации и о численности медицинского персонала, имеющего сертификат специалиста, в штате организации (ф. 

по КНД 1150022: http://www.consultant.ru/cons/...)  направили 

 не в виде неформализованного отчета.

никоим образом, на мой взгляд, не лишает Вас права на применение нулевой ставки при  условии соблюдения п.3 ст.284.1 НК РФ

Там у Вас акт камеральной проверки (ст.122 НК РФ) или что? Обжалуйте, доказывайте свое.