Здравствуйте, Наталья!
Обжаловать действия начальника можно в ГИТ, прокуратуру или суд. Скорее всего поставленные дни прогула не зафиксированы надлежащим образом и их вполне можно оспорить.
Для того чтобы оформить прогул, необходимо составить соответствующий акт, в котором отразить:
1) Сам факт прогула;
2) Время явки работника на работу и длительность его отсутствия;
3) Ссылка на документ (например, трудовой договор или должностная инструкция), которым регулируется рабочее время;
4) Ф.И.О., должность и подпись работника, который составил докладную записку (если она составлялась);
5) Распечатку данных системы электронного входа-выхода (въезда-выезда).
Кроме того, отсутствие на работе должно быть отражено в табеле учета рабочего времени.
Учитывая, что супруг работает водителем, он скорее всего в эти три дня заезжал на заправки, где есть видеофиксация, пользовался электронными средствами платежа, в интересах работодателя, и т.д.