Здравствуйте я военный меня отправляю в командеровку минимум на 3 месяца, супруге рожать через пару дней, есть маленький ребенок 1.5 года

В данном случае закон не содержит положений, когда военнослужащих может отказать от командировки, данный вопрос находится в полномочиях командира (начальника), военнослужащий может только сообщить о своих проблемах рапортом.

Если военнослужащий находится в отпуске, отозвать его могут только при крайней необходимости, руководствуясь ст. 33 Положения о порядке прохождения военной службы: 

1. В случае крайней служебной необходимости военнослужащий может быть отозван из отпуска по решению должностного лица от командующего объединением, ему равного и выше, являющегося его прямым начальником (должностного лица, определенного руководителем федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в котором предусмотрена военная служба).

Также, по окончанию основного отпуска можно попросить о предоставлении дополнительного отпуска:

ст. 31 Положения: 

11. Отпуск по личным обстоятельствам предоставляется военнослужащему на срок до 10 суток в случае:

в) в других исключительных случаях, когда присутствие военнослужащего в семье необходимо, — по решению командира воинской части.

Обстоятельства, по которым предоставлен такой отпуск, должны быть документально подтверждены.

Поэтому, необходимо для начала написать мотивированный рапорт и приложить к нему подтверждающие документы.

С уважением!