Здравствуйте Сергей, подавать в суд стоит. С 2017 года статья 79 НК РФ звучит, так
3. Заявление о возврате суммы излишне взысканного налога может быть подано налогоплательщиком в налоговый орган в течение трех лет со дня, когда налогоплательщику стало известно о факте излишнего взыскания с него налога
Обычно о факте излишнего взыскания налогов человеку становиться известно при подаче декларации и возможности применения вычетов. И ФНС придерживается именно этой позиции (Письмо ФНС России от 21.12.2017 N ГД-3-8/8522@) и считает что по суду переплаты вернуть невозможно.
Однако, у судов другое мнение они руководствуются общими правилами исковой давности и считает трехгодичный срок с момента, когда вы узнали или должны были узнать, что ваше право нарушено. То есть не с момента уплаты налога, а с момента, когда Вы узнали или должны были узнать о переплате (п. 1 ст. 196, п. 1 ст. 200ГК РФ, Определения Конституционного Суда РФ от 26.03.2019 N 815-О, от 21.12.2011 N 1665-О-О, п. 79Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57, ПисьмоМинфина России от 08.11.2019 N 03-02-08/86022).
При этом вам придется доказать суду, что не прошли три года с момента, когда вы узнали о переплате или должны были о ней узнать. Суд проверит причины, по которым вы не могли узнать о переплате раньше (Постановление Президиума ВАС РФ от 25.02.2009 N 12882/08).
С уважением, Евгений