Здравствуйте.
Если сдавали как ИП, уплачивали налог по УСН, то налог платите с суммы продажи 3 млн. руб.
Вычеты в этом случае применить нельзя, также нельзя учесть расходы на приобретение.
ст. 220 НК РФ 4) если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 настоящего пункта, положения подпункта 1 пункта 1 настоящей статьи не применяются в отношении доходов, полученных:
от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности;
Но если вы закроете ИП, и это единственная ваша квартира, то будет освобождение от уплаты НДФЛ по п. 17.1 ст. 217 НК РФ
доходы, получаемые физическими лицами за соответствующий налоговый период:
от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 настоящего Кодекса;
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от реализации ценных бумаг, а также на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества (за исключением жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или доли (долей) в них, а также транспортных средств), непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;
только нежелательно потом опять открывать ИП, так как налоговый орган может выявить в закрытии ИП схему ухода от налога.