Но узнала я об этом, только в декабре этого года, подала заявление, но естественно ответ пришел, что возврата не будет, потому что вышел срок три года, я могу как то вернуть через суд эту переплату?

Ульяна, добрый день! В такой ситуации через суд восстановить пропущенный срок для возврата переплаты по налогу в принципе возможно, на это обращал внимание в том числе Конституционный суд. Но это именно прерогатива суда а не налогового органа который вопрос возврата должен определять исключительно формально исходя из того, пропущен или нет трехлетний срок на подачу заявления о возврате переплаченного налога