Здравствуйте, Дмитрий!
Выписать гражданина из жилья без его согласия можно только в судебном порядке. Обратиться в суд с соответствующим заявлением может тот, кто предоставил прописанному помещение для временного проживания, то есть собственник, наниматель, наймодатель.
Поскольку Ваша супруга также является собственником, то ее отец выписать ее не сможет, даже обратившись в суд.
Если у Вас остались дополнительные вопросы и Вы хотите получить подробную юридическую консультацию, то можете обращаться ко мне в чат. Минимальные тарифы установлены правилами сайта.