Яна, добрый день!
Поскольку основным принципом (одним из) гражданского права является свобода договора, такая форма реализации договора займа вполне законна. Это будет с юридической точки зрения рамочный договор займа (ст. 429.1 и 807 Гражданского кодекса).
Дополнительными соглашениями, если они подписаны с обеих сторон, можно изменять до бесконечности любые условия первоначального договора, и заключение нового договора не требуется. Разумеется, каждый перевод средств, и туда, и обратно, нужно фиксировать документально.
Главный риск заключается в том, что займы, особенно между взаимозависимыми (аффилированными) лицами — объект повышенного внимания со стороны налоговой. Они могут видеть в этом транзит средств и их вывод из одного ООО в другое, например. Особенно если одно из ООО вдруг начнет банкротиться.