Ольга!
Всё зависит от особенностей оформления трудовых отношений с каждым конкретным работником. Изменение условий трудовых договоров требует соответствующего оформления. При вахтовом методе работы осуществляется суммированный учёт рабочего времени (статья 300 Трудового Кодекса РФ), поэтому и платят за вахту в установленном специальном порядке. Предполагаю, что до введения такого режима условия труда были другие, а потому работодатель должен был всё предусмотреть в дополнительных соглашениях к трудовым договорам сотрудников, оплату труда — в том числе.
Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные, предоплата.
Всего доброго!