Иван, добрый день.
Исходя из содержания п. 4 ст. 11 Федерального закона «О статусе военнослужащих», военнослужащим, проходящим военную службу по призыву, а также военнослужащим, проходящим военную службу по контракту в военных профессиональных образовательных организациях и военных образовательных организациях высшего образования и учебных воинских частях, предоставляется не менее одних суток отдыха еженедельно.
К таким военнослужащим, как Вы сами указали, Вы не относитесь.
Остальным военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, предоставляется не менее одних суток отдыха еженедельно, но не менее шести суток отдыха в месяц.
Так что мне непонятны Ваши сомнения в справедливости ответа командира в/ч.
Что касается сверхнормативного времени исполнения обязанностей военной службы, то этот вопрос стар, как мир и ответ на него не моложе:
в каждом подразделении должен вестись журнал учета служебного времени и времени отдыха. Он ведется по образцу, указанному в приложении № 2 к Положению о порядке прохождения военной службы (форма своя для каждого органа исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба: Минобороны, ФСБ России и т.д.).
По Вашему рапорту командир обязан Вам предоставить дни отдыха из расчета 1 день отдыха за 8 часов сверхнормативного служебного времени.
При этом командир части при предоставлении дней отдыха сам определяет в какой период эти дни Вам предоставить, исходя из необходимости поддержания боеготовности воинской части.
Рапорт Ваш рассматривается и на него предоставляется ответ в срок до 30 суток с момента регистрации рапорта.
Если не согласны с ответом, имеете право подать обращение с жалобой по команде, т.е. на имя ближайшего к Вам начальника (прямого или непосредственного начальника, которому Вы подчинены по службе и который обладает правом принимать решение по существу Вашего рапорта).
При несоблюдении порядка обращения военнослужащих особо изощренный командир может привлечь Вас к дисциплинарной ответственности.
Если же желаете добиться получения выходных дней, привлекая к надзору за исполнением закона органы военной прокуратуры, то сперва получите письменный отказ выполнить просьбу, изложенную в Вашем рапорте.
К жалобе в орган военной прокуратуру Вашего гарнизона приобщите копию ответа на Ваш рапорт. Кроме того, любой орган военной прокуратуры принимает к рассмотрению жалобы по электронной почте, они направляются через интернет-приемную Главной военной прокуратуры, где есть возможность выбрать орган прокуратуры, куда Вы направляете свою жалобу — https://gvp.gov.ru/gvp.
Вам нужна вкладка сайта «обращение в военную прокуратуру», далее всё просто.