Уважаемая Полина!
1. Государственная регистрация рождения производится органом записи актов гражданского состояния по месту рождения ребенка или по месту жительства родителей (одного из родителей) или многофункциональным центром предоставления государственных и муниципальных услуг, на который возложены полномочия в соответствии с пунктом 2.2 статьи 4 настоящего Федерального закона.
Если отец ребенка находится в СИЗО в другом городе не по месту его проживания, то Вы не сможете зарегистрировать ребенка в другом населенном пункте одновременно с регистрацией брака.
Поэтому Вы вправе зарегистрировать рождение ребенка по своему месту жительства, затем зарегистрировать брак, а после этого — обратиться в суд с иском об установлении отцовства.
Также установление отцовства возможно и во внесудебном порядке на основании ст. 27 Семейного Кодекса РФ:
3. Отцовство лица, не состоящего в браке с матерью ребенка, устанавливается путем подачи в орган записи актов гражданского состояния совместного заявления отцом и матерью ребенка;
При этом отцовство будет внесено в свидетельство на основании заявления и отцом и матерью ребенка.
Заявление о внесении записи отцом ребенка он может подать, удостоверив свою подпись либо начальником СИЗО, либо нотариусом, который приглашается в СИЗО.
Согласно ст. 11 Семейного Кодекса РФ: