Может ли поставщик в документах включить сумму НДС, если она прописана ранее в договоре?

Здравствуйте! 

конкретной практики по данному вопросу, увы, у меня нет, есть только рассуждения.

я согласна с Вашей позицией о том, что если ранее в договоре было четко указано 20 000 руб. включая НДС, а затем этот НДС по каким-либо причинам отпал, то продавец должен требовать с вас только сумму без НДС. Обоснование можно придумать очень простое… 

например, покупатель, применяющий ОСН, заключил долгосрочный договор с продавцом также на ОСН. При заключении договора, покупатель рассчитывал на входящий НДС, который он мог бы принять к вычету… и вдруг продавец переходит на УСН, входящего НДС нет, а расходная часть осталась та же => следует явное нарушение прав покупателя, изменение условий договора в худшую для покупателя сторону помимо его воли (ст. 450 ГК РФ), фактически продавец в одностороннем порядке повысил цену товара. 

Если вы как покупатель находитесь, например, на УСН, то вышеописанного нарушения ваших прав нет, есть только необоснованная выгода для вашего контрагента… Если вы захотите расторгнуть договор по данным основаниям, может ничего не выйти… ведь можно сказать, что вы согласились изначально на цену 20 000 руб., значит, она вас устроила и была для вас выгодной… изменение налогового режима продавца для вас никакого негатива не принесло, следовательно, ваши права не нарушены… 

но если цель стоит обосновать перед продавцом, почему вы хотите заплатить именно 16 тыс., попробуйте такую логическую цепочку: 

1. Совершая сделку, вы договорились о следующих существенных условиях: цена товара составляет 16 тыс. руб., налог составляет — 3 тыс. руб.
2. Одностороннее изменение условий договора в части цены не допустимо
3. Цена остается той же, налог не оплачивается, так как необходимость его оплаты отпала.