Здравствуйте, Мария!
Существует уже довольно обширная практика, по схожим делам, когда документы «теряются» и такие дела положительно решаются, если доказать, что документы были приняты.
В вашей ситуации этого доказывать не нужно, так как, на сколько я понял есть все для этого подтверждения и соответствующий ответ.
В вашей ситуации основной упор доказывания следует сделать на то, что не был собран весь необходимый комплект документов (был некачественный документ) не по Вашей вине (не по вине военнослужащего), так как от военнослужащего требуется только написание рапорта.
Полагаю, что изначально стоит направить жалобу в военную прокуратуру и дождаться проведения прокурорской проверки. Уже после проведения проверки прокурором, можно будет обратиться в суд, чтобы военнослужащего восстановили и открыли на него ипотечный счет с момента, когда документы собрали в воинской части и был написан рапорт о включении в НИС.
Если у вас остались вопросы, требуется персональная, более подробная консультация или составление документов по вашему вопросу, представление интересов в прокуратуре и суде — пишите мне в чат. Всего доброго!