Нужно ли мне сдавать ЕГЭ или только внутренние экзамены ВУЗа?

Здравствуйте Алексей.

Согласно

Соглашению между Правительством Российской Федерации и Правительством Эстонской Республики о признании и эквивалентности документов об образовании и ученых степенях

Статья 1

1. Настоящее Соглашение распространяется на документы государственного образца Российской Федерации об образовании и ученых степенях и документы государственного образца Эстонской Республики об образовании и ученых степенях.

Статья 2

1. Аттестат о среднем (полном) общем образовании и диплом о начальном профессиональном образовании (с получением среднего общего образования), выдаваемые в Российской Федерации, и свидетельство об окончании средней школы (Keskkooli Lputunnistus), свидетельство о среднем профессиональном образовании с получением среднего общего образования (Tunnistus Kutseja keskhariduse omandamise kohta) и свидетельство об окончании гимназии (Gьumnaasiumi Lputunnistus), выдаваемые в Эстонской Республике, признаются эквивалентными. http://docs.cntd.ru/document/9...

Поэтому если у Вас имеется  свидетельство об окончании средней школы (Keskkooli Lputunnistus) или свидетельство об окончании гимназии, они признаются эквивалентными аттестату о среднем (полном) общем образовании  выдаваемому в Российской Федерации.

При этом согласно Приказу

МИНИСТЕРСТВА ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПРИКАЗ

от 14 октября 2015 года N 1147

Об утверждении Порядка приема на обучение по образовательным программам высшего образования — программам бакалавриата, программам специалитета, программам магистратуры

Приложение. Порядок приема на обучение по образовательным программам высшего образования — программам бакалавриата, программам специалитета, программам магистратуры

Поступающий представляет документ, удостоверяющий образование соответствующего уровня (далее — документ установленного образца):

документ (документы) иностранного государства об образовании или об образовании и о квалификации, если указанное в нем образование признается в Российской Федерации на уровне соответствующего образования (далее — документ иностранного государства об образовании).
21. Отдельные категории поступающих на обучение по программам бакалавриата и программам специалитета могут сдавать общеобразовательные вступительные испытания, проводимые организацией высшего образования самостоятельно (далее — общеобразовательные вступительные испытания для отдельных категорий поступающих):
в) лица, которые получили документ о среднем общем образовании в течение одного года до дня завершения приема документов и вступительных испытаний включительно, если все пройденные ими в указанный период аттестационные испытания государственной итоговой аттестации по образовательным программам среднего общего образования сданы не в форме ЕГЭ (либо они прошли итоговые аттестационные процедуры в иностранных образовательных организациях и не сдавали ЕГЭ в указанный период);

http://docs.cntd.ru/document/4...

Т.е. Вам поступать через ЕГЭ необязательно, Вы вправе  поступить по вступительным испытаниям, проводимым организацией высшего образования самостоятельно.