Здравствуйте. В дополнение к уже сказанному коллегой Беляевым, хотелось бы отметить, что собственно сама подача заявления о банкротстве еще не означает, что Ваша организация будет ликвидирована. В рамках банкротства организация может уйти в процедуру финансового оздоровления.
Статья 76. Ходатайство о введении финансового оздоровления
1. В ходе наблюдения должник на основании решения своих учредителей (участников), органа, уполномоченного собственником имущества должника — унитарного предприятия, учредители (участники) должника, орган, уполномоченный собственником имущества должника — унитарного предприятия, третье лицо или третьи лица в установленном настоящим Федеральным законом порядке вправе обратиться к первому собранию кредиторов, а в случаях, установленных настоящим Федеральным законом, — к арбитражному суду с ходатайством о введении финансового оздоровления.
Учитывая то, что Вы пояснили в своем вопросе это вполне реально, правда следует иметь в виду, что в ходе финансового оздоровления полномочия исполнительных органов организации будут действовать в усеченном виде, однако это вполне нормальный процесс, который может завершиться определением суда о прекращении производства по делу о банкротстве.
А вот если не подадите заявление и банкротить будет налоговая, то тут недалеко и до субсидиарной ответственности учредителей и директора ввиду того, что ими не выполнена обязанность по обращению в суд с заявлением должника при наличии признаков банкротства. Поэтому разумнее было бы все-таки продумать вариант с обращением в суд и выходом на процедуру финансового оздоровления.
В принципе можно сначала попробовать предложенный коллегой Беляевым вариант обращения к налоговикам с заявлением об отсрочке (рассрочке) уплаты налоговых платежей и в случае, если не получится, переходить к запасному варианту, указанному мной. Без первичного штрафа по 14.13 КоАП РФ в данном случае Вы не обойдетесь, но есть смысл, чтобы не нарваться на применение ч.6 этой же статьи, не затягивать с заявлением об отсрочке (рассрочке) по ст. 64 НК РФ. Можно даже использовать собственно свою явку на составление протокола для предварительного обсуждения этого вопроса или идти прямо с заготовленным заявлением и документами.