Да, у него будет такая возможность. В данном случае не имеет значения, по какому договору ваш отец приобретет право собственности на данный объект. Документом, подтверждающим оплату суммы будет являться расписка по договору между вашим отцом и вами.
Для подтверждения права на имущественный налоговый вычет налогоплательщик представляет в налоговые органы заявление о предоставлении вычета, договор о приобретении квартиры или прав на квартиру, акт о передаче квартиры или документы, подтверждающие право собственности на квартиру, платежные документы, подтверждающие факт уплаты денежных средств по произведенным расходам (квитанции к приходным ордерам, банковские выписки о перечислении денежных средств со счета покупателя на счет продавца, товарные и кассовые чеки, акты о закупке материалов у физических лиц с указанием в них адресных и паспортных данных продавца и другие документы).В соответствии с абз. 22 пп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ документом, необходимым для подтверждения права на имущественный налоговый вычет при приобретении квартиры в строящемся доме, является акт о передаче квартиры.
Согласно позиции, изложенной в Письме УФНС России по г. Москве от 05.05.2009 N 20-14/4/044227, согласно которому документом, подтверждающим оплату покупателем приобретенной квартиры, в частности, может являться расписка продавца, удостоверяющая передачу ему покупателем денежных средств. Расписка должна содержать Ф.И.О. продавца, его паспортные и адресные данные, запись о размере полученной суммы денежных средств, подпись продавца и дату совершения сделки.
Но имейте в виду, что если сумма договора уступки будет выше суммы договора, заключенного вами с застройщиком, то у вас возникнет имущественная выгода, и вы будете обязаны с разницы уплатить НДФЛ.
При обращении к работодателю Ваш отец может получить вычет уже в текущем налоговом периоде (если и расписка, и акт передачи квартиры на руках) или в следующем при предоставлении декларации о доходах.
Тут размещено Письмо Минфина как раз с ответом на Ваш вопрос — www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70156998/
Дополню, что действующим законодательством не установлено ограничений в части расчетов между физическими лицами (суммы расчетов), т.е. передать в наличной форме денежные средства под соответствующую расписку возможно.