Не готовы документы на увольнение, хотя контракт закончился больше месяца назад

добрый вечер!

В соотвествии со ст. 3 Положению о порядке прохождения  военной службы, утверждённого  указом Президента РФ  от 16 сентября 1999 г. N 1237:

Статья 3. Начало, срок и окончание военной службы

2. Срок военной службы установлен:
е) для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, — в соответствии с контрактом о прохождении военной службы.

3. Срок военной службы истекает:
б) для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, — в соответствующие месяц и число последнего года срока контракта либо в соответствующее число последнего месяца срока контракта, если контракт был заключен на срок до одного года.
В случаях, когда истечение срока военной службы приходится на месяц, в котором нет соответствующего числа, указанный срок истекает в последний день этого месяца.
4. Днем окончания военной службы считается день исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части.
Военнослужащий должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы (уволенный досрочно — не позднее окончания срока военной службы), кроме случаев, установленных Федеральным законом и настоящим Положением.
День исключения из списков личного состава воинской части является для военнослужащего днем окончания (последним днем) военной службы.

В Вашей ситуации рекомендую написать жалобу военному прокурора гарнизона по месту службы, предварительно уведомив об этом командира.