Здравствуйте, Елена Васильевна!
Я так понимаю заказчик пересчитал итоговую стоимость каждой позиции, пропорционально коэффициенту снижения от цены позиции товара или этапа, рассчитанной при определении начальной (максимальной) цены контракта? летние изменения дают ему такую возможность. Для более полного ответа документацию необходимо посмотреть .
Отвечая на ваш вопрос, подписывать контракт. Можете обратиться в ФАС, но если я все правильно поняла (исходных данных мало) то жалоба будет носить формальный характер. Правильное решение будет подписать контракт, договориться с заказчиком о расторжении контракта по соглашению сторон- чтобы не попасть в реестр. Это возможно если заказчик понимающий и лояльный. Если нет то отработать как есть и иметь этот момент ввиду при последующих участиях в процедурах.