Может ли командир лишить меня премии за опоздание на службу на час?

Здравствуйте, Иван! В соответствии с п. 80 Приказа- Министра обороны РФ от 30.12.2011 N 2700 (ред. от 31.01.2018) «Об утверждении Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации»-

80. Конкретный размер премии зависит от качества и эффективности исполнения военнослужащими должностных обязанностей в месяце, за который производится выплата премии, с учетом имеющих дисциплинарных взысканий за совершенные дисциплинарные проступки...

То есть прежде всего вы должны быть привдечены к дисциплинарной ответственности.Хотя может быть это и к лучшему, что дело ограничилось лишением премии.

Что касается 4 часов- если будет иметь место опоздание свыше 4 часов, то уже будетгрубым дисциплинарным нарушением, которое может повлечь даже и увольнение. А менее 4 часов грубым нарушением не является