Здравствуйте, Андрей!
Я рекомендую Вам обратиться в подразделение ГИБДД с заявлением о снятии с учета транспортного средства в связи с утратой.
Это возможно сделать и без документов на ТС, гос.знаков.
Согласно, Приказу МВД России от 07.08.2013 N 605 (ред. от 26.06.2018)
61. При прекращении регистрации транспортного средства регистрационные документы и государственные регистрационные знаки сдаются в подразделение Госавтоинспекции, прекратившее регистрацию, и утилизируются в установленном законодательством Российской Федерации порядке. Регистрационные знаки, принятые на основании соответствующего волеизъявления собственника (владельца) в соответствии с пунктом 42 Правил регистрации, подлежат хранению.
Не сданные в подразделение Госавтоинспекции регистрационные документы и государственные регистрационные знаки выставляются в розыск.
Образцы заявлений представлены в ГИБДД.