Претензия по акту выполненных работ

Здравствуйте, Мария.

Вы правы ответить на претензию нужно письменно, лучше чтобы это было  на фирменном бланке организации.

Вам необходимо указать кому адресован ответ, кем он составлен и дата составления. Ответ лучше чтобы был составлен руководителем организации. Далее ответ на претензию по существу ( удовлетворение требований заявителя)

В конце обязательно должна быть подпись, предпочтительнее руководителя организации

С уважением,

Сюзюмов Е.Н.

Здравствуйте. Пока что не слишком понимаю сути вопроса. Если Вы претензию признаете, то надо так и ответить.  Согласно ст. 723 ГК РФ

1. В случаях, когда работа выполнена подрядчиком с отступлениями от договора подряда, ухудшившими результат работы, или с иными недостатками, которые делают его не пригодным для предусмотренного в договоре использования либо при отсутствии в договоре соответствующего условия непригодности для обычного использования, заказчик вправе, если иное не установлено законом или договором, по своему выбору потребовать от подрядчика:
безвозмездного устранения недостатков в разумный срок;
соразмерного уменьшения установленной за работу цены;
возмещения своих расходов на устранение недостатков, когда право заказчика устранять их предусмотрено в договоре подряда (статья 397).

Доброго времени суток! Предлагаю написать вот так: 

В ответ на вашу претензию  N и дата даем согласие и данным письмом аннулируем акт N дата. Обязуемся выставить счёт за услуги _____ без учёта суммы в размере ____

Пишете в двух экземплярах, один экземпляр отправляете письмом с уведомлением о вручении, второй экземпляр оставляете у себя. 

Если есть чем дополнить, можете ещё что-либо дописать, может быть ссылки на договор или дополнительное соглашение.