Как быть, если на работе вышел конфликт с начальником из-за отпуска?

Здравствуйте. А есть основания для увольнения? Просто так уволить не сможет. Нужны основания для увольнения. И при этом ещё соблюсти порядок, указанный в ст. 193 ТК РФ

До применения дисциплинарного взыскания работодатель должен затребовать от работника письменное объяснение. Если по истечении двух рабочих дней указанное объяснение работником не предоставлено, то составляется соответствующий акт.
Непредоставление работником объяснения не является препятствием для применения дисциплинарного взыскания.

Дисциплинарное взыскание применяется не позднее одного месяца со дня обнаружения проступка, не считая времени болезни работника, пребывания его в отпуске, а также времени, необходимого на учет мнения представительного органа работников.

При этом Вы можете обжаловать в суде или через инспекцию по труду наложенные взыскания.