Что делать, если угрожают судом бывшему работнику?

Здравствуйте!
Вред, причиненный личности или имуществу гражданина, а также вред, причиненный имуществу юридического лица, подлежит возмещению в полном объеме лицом, причинившим вред (ст. 1064 ГК РФ)
 
Если грубая неосторожность самого потерпевшего содействовала возникновению или увеличению вреда, в зависимости от степени вины потерпевшего и причинителя вреда размер возмещения должен быть уменьшен (ст. 1082 ГК РФ)
 
В данном случае Вашей вины в ущербе не имеется.
 

УК РФ Статья 273. Создание, использование и распространение вредоносных компьютерных программ.

1. Создание, распространение или использование компьютерных программ либо иной компьютерной информации, заведомо предназначенных для несанкционированного уничтожения, блокирования, модификации, копирования компьютерной информации или нейтрализации средств защиты компьютерной информации, — наказываются ограничением свободы на срок до четырех лет, либо принудительными работами на срок до четырех лет, либо лишением свободы на тот же срок со штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев.

Это то, что вам может грозить. Главный вопрос будет в том, намеренно вы завели вирус на флешке или нет и был ли умысел его распространения. Но, скорее всего, ответственности избежать удастся.