Право на обучение военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, регламентируется в ст. 19 Федерального закона «О статусе военнослужащих», п. 1, 2 ст. 31 Положения о порядке прохождения военной службы, утвержденного Указом Президента РФ от 16.09.1999 № 1237, постановлениями Правительства РФ от 03.11.2014 № 1155 и от 03.11.2014 № 1156.
Вопросы, связанные с реализацией права на обучение военнослужащими, проходящих военную службу по контракту (за исключением офицеров), регулируются постановлением Правительства РФ от 03.11.2014 № 1155.
Данным постановлением утверждены Правила реализации права военнослужащих, проходящих военную службу по контракту (за исключением офицеров), непрерывная продолжительность военной службы по контракту которых составляет не менее 3 лет, на обучение по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего профессионального образования и высшего образования, а также на подготовительных отделениях федеральных государственных образовательных организаций высшего образования за счет средств федерального бюджета с освоением образовательных программ по очно-заочной или заочной форме обучения.
Таким образом решение вашего начальства незаконно.