Добрый день.
Для наиболее точного ответа на данный вопрос необходимо видеть договор на такое обучение.
В большинстве случаев договора между муниципальными/государственными учреждениями и учащимися предусматривают выплату компенсации в таком случае. Также можно составить дополнительное соглашение, позволяющее Вам не выплачивать данную компенсацию, но с условием исполнения Вами принятого на себя обязательства по трудоустройству и трудовой деятельности на определенный период в организации, с которой заключен договор на целевое обучение.