Здравствуйте.
К сожалению, нет. Если предприятие было ликвидировано, то оно не сможет Вам оплатить больничный лист. Предприятия уже не существует. С ликвидацией предприятия прекратились его права и обязанности.
Трудовой договор заключается между физическим лицом (работником) и организацией (работодателем). Работодателем считается организация (юридическое лицо), трудовой договор заключается от имени организации. Если бы организация не ликвидировалась, то именно она должна была производить Вам все выплаты. Произвести выплаты было обязательством организации, которой уже не существует.
Кстати, уволить беременную можно только в связи с ликвидацией организации или прекращением деятельности ИП.
В настоящее время Вам просто некуда обращаться за выплатами. Учредители ликвидировавшейся организации также не будут ничего выплачивать, так как у них нет этой обязанности. В соответствии со ст. 56 ГК РФ учредитель не отвечает по обязательствам юридического лица.
Раз ликвидировалось только подразделение, а организация работает, то смело обращайтесь к ней за выплатой.