Выпустят ли за границу с долгами за квартиру, в которой не проживаю, но прописана?

Просто наличие долгов не препятствует Вашим перемещениям как в пределах РФ, так и за пределами. 

Ограничение на выезд должника относится к исполнительным действиям. Основанием для них служит судебный акт, вступивший в законную силу. 

Наличие заведенных в отношении Вас исполнительных производств Вы можете проверить на сайте службы судебных приставов.

Ст.67 Закона об исполнительном производстве

Судебный пристав-исполнитель вправе по заявлению взыскателя или собственной инициативе вынести постановление о временном ограничении на выезд должника из Российской Федерации при неисполнении должником-гражданином или должником, являющимся индивидуальным предпринимателем, в установленный для добровольного исполнения срок без уважительных причин содержащихся в выданном судом или являющемся судебным актом исполнительном документе следующих требований:
1) требований о взыскании алиментов, возмещении вреда, причиненного здоровью, возмещении вреда в связи со смертью кормильца, имущественного ущерба и (или) морального вреда, причиненных преступлением, если сумма задолженности по такому исполнительному документу превышает 10 000 рублей;
2) требований неимущественного характера;
3) иных требований, если сумма задолженности по исполнительному документу (исполнительным документам) составляет 30 000 рублей и более.
2. В случае неисполнения должником-гражданином или должником, являющимся индивидуальным предпринимателем, по истечении двух месяцев со дня окончания срока для добровольного исполнения требований, указанных в пункте 3 части 1 настоящей статьи, судебный пристав-исполнитель вправе по заявлению взыскателя или собственной инициативе вынести постановление о временном ограничении на выезд должника из Российской Федерации, если сумма задолженности по исполнительному документу (исполнительным документам) превышает 10 000 рублей.