Как действовать, если в суде заявят о пропущенном сроке?

Здравствуйте, был уволен с работы в связи со вступившим в законную силу приговора суда за совершение преступления. Основанием для увольнения послужили приговор и постановление суда апелляционной инстанции. Спустя три месяца апелляционное постановление было отменено президиумом суда, после чего в результате нового апелляционного постановления был отменен и сам приговор, уголовное дело возвращено прокурору. Соответсвенно отменены оба судебных акта на основании которых я был уволен. После отмены приговора я незамедлительно письменно обратился к руководителю о моем восстановлении. Получил отказ на основании того, что моя невиновность на сегодняшний день не доказана. Видимо руководитель никогда не слышал о ст. 49 Конституции, ст. 14 УПК. Ну и ладно, не о его неграмотности речь. На следующий день после отказа, я обратился с иском о восстановлении и взыскании заработной платы в суд. Вопрос в сроках подачи искового заявления. Ведь по спорам об увольнение срок подачи иска составляет месяц с момента ознакомления с приказом и выдачей трудовой. Уверен, что в отсутсвие иных аргументов будет давить на этот пропущенный срок. Умом понимаю, что подать в месячный срок иск, я разумеется не мог, так как судебные акты, послужившие основанием для увольнения были отменены гораздо позже. Как действовать если в суде заявят о пропущенном сроке? И может ли в данном случае применятся трехмесячный срок для индивидуального трудового спора с момента как я узнал о нарушении своих прав (т.е. после отмены приговора)? Он то как раз не пропущен. Прошу не путать с реабилитацией, приговор просто отменен с возвратом уд прокурору. Заранее благодарен за ответы.