Можно ли в данной ситуации зарегистрировать двух директоров ООО?

Добрый день, Роман!
Распределение долей учредителей никак не влияет на полномочия руководителя (-лей). 
Полномочия руководителей должны быть прописаны в уставе, в том числе ограничения по совершению сделок.
Советую Вам:
1) В Уставе указать более подробные полномочия каждого из директоров в отдельности
2) Должности каждого из них назвать по разному Например коммерческий директор и Исполнительный директор, во избежание путаницы в дальнейшем;
3) Ограничения на сделки ввести не на все, а на определенные суммы. Иначе большое количество ограничений приведет к затруднениям в работе компании.

В случае необходимости разработки документов или более подробной консультации Вы можете обратиться к специалистам сайта.

Двух руководителей зарегистрировать можно, но в Вашем случае лучше прописать в Уставе определенный кворум, то есть то число голосов, которыми принимаются определенные решения.