Марина, здравствуйте!
Заключение договора аренды между единственным учредителем (он же генеральный директор) и ООО таим в себе одну опасность. В таком случае весьма вероятно, что налоговая доначислит учредителю налог на доходы и НДС, посчитав, что он ведет предпринимательскую деятельность. Сегодня такие действия налоговой очень распространены и судебная практика на стороне налоговой.
Однако если учредитель ООО передаст земельный участок компании в пользование безвозмездно, налоговая потребует, чтобы ООО учитывала в качестве дохода сумму выгоды, т.е. ту сумму, которую ООО бы заплатило, если бы пользовалось земельным участком за плату.
Решение Вашей проблемы во многом зависит от условий, в которых осуществляется деятельность ООО (как юридических, так и фактических). Могу помочь выбрать оптимальный вариант, свяжитесь со мной, если готовы к сотрудничеству.